Na začátku 17. století se chýlila prosperita města ke svému konci zvláště poté, co se olomouckým biskupem stal kardinál František Dietrichstein (1599–1636). Jako cizinec neuměl česky, v Olomouci se příliš nezdržoval a hukvaldské panství opomíjel zcela. Na Moravskou Ostravu zanevřel především pro skrytý odpor Ostravských k rekatolizaci, ale také kvůli tomu, že městská rada odepřela jeho žádost o peněžní půjčku ze sirotčích peněz. To biskupa rozlítilo, takže poručil městské radě, že musí do šesti týdnů prodat své manské statky, ačkoliv tyto statky byly předchozími biskupy z manství propuštěny. K tomu ještě došlo k náboženským rozmíškám mezi tajnými evangelíky a katolíky. Dietrichstein zmenšil v roce 1615 Moravské Ostravě rozsah vrchního práva tím, že vydělil z její podřízenosti město Příbor. V roce 1617 pak z tohoto práva byly vyděleny také Frenštát, Paskov, Brušperk a další města. Téhož roku kardinál Dietrichstein pronajal městu Příboru celé hukvaldské panství na šest let za roční nájem šesti tisíc moravských zlatých. Byla to odměna za to, že odpovídal kardinálovým představám o poslušném poddanském městě. Příbor se tak stal vrchností Moravské Ostravy.
Již první vojenské akce za stavovského povstání proti císaři Ferdinandu II. nepříznivě ovlivnily hospodářský život Moravské Ostravy a dalších měst hukvaldského panství. V srpnu 1619 vykázali moravští páni kardinála Dietrichsteina na věky ze země a zabavili mu veškerý majetek. Ostravští byli po dřívějších zkušenostech k tomuto vývoji zdrženliví. V únoru 1620 vtrhla do města jízda polských kozáků Alexandra Lisowského, jinak zvaná také lisovčíci. Měšťané ještě před jejich vpádem zakopali své cennosti pod dlažbu kostela, jenže úkryt byl prozrazen. Lisovčíci uloupili sedm kalichů, monstranci, velký kříž a další předměty, oloupeni byli také měšťané a vyrabována radnice. Na podzim vtrhlo do kraje protestantské vojsko sedmihradského knížete Bethlena Gábora a spolu s oddíly krnovského vévody Jana Jiřího Krnovského se v Polské Ostravě zmocnilo zámku Sedlnických. Proti nim vytáhly oddíly vlašských žoldnéřů Karla Spinelliho, které si počínaly hůře než nepřítel. V zimě 1623 vpadly do kraje kozácké oddíly, jejichž zběsilé chování přinutilo mnoho obyvatel Moravské Ostravy v obavě o život k útěku do lesů, kde bez jídla umírali hladem a zimou.
S vojskem přišel na hukvaldské panství také mor, který se v Moravské Ostravě poprvé objevil v roce 1625. Zemřelo při něm zhruba 500 osob, což byla téměř polovina všech obyvatel. Podle záznamů v nejstarší moravskoostravské matrice stali se obětí moru také purkmistr, varhaník a zlatník. Město se vylidnilo, řemeslná výroba poklesla a mnohé domy zůstaly prázdné. Válečné hrůzy však stále nekončily, v srpnu 1626 obsadila Moravskou Ostravu osmitisícová armáda dánských žoldnéřů Arnošta z Mansfeldu a výmarského vévody Arnošta. Obyvatelstvo se rozuteklo, město bylo dokonale vyrabováno, nekonaly se ani bohoslužby, protože ostravský děkan Martin Regulin (přítel Jana Sarkandera) byl zajat a z dánské deportace se vrátil až v roce 1628. Jenže vítězné domácí císařské oddíly Valdštejnovy způsobily Ostravě ještě větší škody než Dánové.
Švédská vojska generálů Königsmarka a Wittenberga obsazující Moravu se v roce 1642 trvale usadila v Polské Ostravě. Hrad Hukvaldy však dobyt nebyl. Moravská Ostrava musela po svém obsazení okamžitě zaplatit výpalné – obrovskou sumu 7000 zlatých. Město si peníze muselo vypůjčit a dluhy splácelo 98 let – do roku 1741. V srpnu 1649 sečetla městská rada náklady způsobené švédskou okupací a dospěla k obrovskému číslu 35 762 zlatých rýnských. Náklady byly tvořeny jednak výpalným, které bylo vyplaceno švédským velitelům, dále výdaji za stravu pro vojsko, za píci pro koně a další škody způsobené loupežemi, krádežemi, požáry a podobně. Ostravští ovšem platili také císařským oddílům v Hranicích a v Olomouci. Vyčíslené náklady představovovaly čtyřnásobek výnosu celého hukvaldského panství. Moravská Ostrava byla nejvíce zpustošeným městem na severní Moravě. Při inventuře válečných škod z roku 1650 bylo z původních 190 domů obydleno pouze 121, ostatní byly pusté.
V letech 1649, 1655, 1670 a 1695 došlo k velkým povodním, řeka Ostravice změnila koryto, poškodila mlýn, špitál a několik předměstských domů, zničena byla velká část úrody. Podmáčením byl poškozen i kostel svatého Václava. V roce 1675 město těžce poškodil požár. Údajně vyhořela polovina města, zůstala jen fronta domů přiléhající k ožehlé radnici. Doklady o tomto neštěstí jsou však jen z pamětního listu z radniční věže z roku 1689. Moravská Ostrava té doby vypadala sešle, domy byly většinou dřevěné, přízemní a prosté včetně mnohých velkoměšťanských na náměstí. Ačkoliv se zde čas od času objevily pustošivé požáry, obyvatelé na to příliš nedbali. Blízká cihelna byla využívána jen skromně, jen polovina domů měla vyzděné komíny, jinde byla otevřená ohniště. Zchátralé byly dokonce i některé šenkovní domy. Město se muselo podílet na financování císařských armád, hrozil vpád Turků, rozhořel se švédsko-polský konflikt a císařské oddíly směřovaly na pomoc polskému králi Janu Kazimírovi. V roce 1663 vtrhly do města hordy Tatarů, o dvacet let později projížděl městem s třicetitisícovou armádou na pomoc Vídni obležené Turky polský král Jan Sobieski.
Ve městě zůstalo jen 26 řemeslníků jedenácti řemesel, pouze ševců, kožešníků a krejčích bylo tolik, aby mohli vytvořit cechy, tkalců, soukeníků, řezníků, tesařů, provazníků, kloboučníků bylo po jednom nebo po dvou.
Boleslav Navrátil